[fix] ruff check の既存違反 299 件を解消し依存更新の検証スイートに組み込む ...

- ruff.toml の行長を 88 → 100 に緩和し，テンプレート管理の .claude/ を対象外に
- I001・F401 を自動修正，F841 と行長 100 超の E501 26 件を手で修正（挙動・出力文字列は不変）
- scripts をリポジトリ外 cwd から起動するスモークテスト test_script_entrypoints.py を追加
- coding-style.md の行長記述，ENV_04 の検証スイート（uv run ruff check . を追加），PROGRESS.md を更新

Refs #15

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

[update] テンプレート新構成へ追従し規約の rules 化・開発コマンド整備・Dependabot 設定を追加 ...

- GUIDE_06〜09 を path-scoped rule（.claude/rules/coding-style / project-structure / testing / error-handling）へ移行し，CLAUDE.md とテストの docstring の参照を更新
- 開発コマンド一覧 ENV_04 を新設し，ENV_02 にフック実行の前提（bash）を追記
- .github/dependabot.yml（pip・github-actions，週 1）を追加し，ENV_03 に Dependabot 有効化手順を記載
- PROGRESS.md にテンプレート同期のエントリを追記

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

[add] 位相相関による位置合わせ付き SSIM 再現性評価機能を追加し，評価結果と考察をドキュメントに反映 ...

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