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ivus-complication-annotation-tool / README.md
@keishi85 keishi85 on 22 Dec 4 KB Fix: ./README.mdのUpdate

IVUS合併症アノテーションツール

循環器内科医がIVUS(血管内超音波)画像を確認し、No reflow / Slow flow の合併症リスクを予測・アノテーションするためのツール。

目次


概要

IVUS画像(1症例あたり約20フレーム)を確認し、以下の情報をアノテーションします:

  • 合併症予測:No reflow/Slow flowの発生有無
  • 確信度:予測の確信度(0-100%)
  • 判断根拠:石灰化プラーク、減衰プラークなどの所見
  • 自由記述:追加コメント

アノテーション結果はCSVファイルとして保存され、Excelで開いて分析できます。


必要環境

  • OS: Windows 10/11、macOS
  • Python: 3.10以上

インストールと起動

Python 3.10以上がインストール済みの場合

  1. Windows: start_windows.bat をダブルクリック
  2. macOS: start_mac.command をダブルクリック

初回起動時、必要なパッケージが自動的にインストールされ、ブラウザが開きます。

Pythonがインストールされていない場合

Windows

Python公式サイトから「Windows installer (64-bit)」をダウンロードしてインストール

  • インストール時に 「Add Python to PATH」に必ずチェック

macOS

Homebrewを使用(推奨):

brew install python@3.10

使い方

起動すると、自動的にブラウザが開き、設定画面が表示されます。

ステップ1: 設定画面

起動時に以下の3つの情報を入力します:

  1. アノテーター名: あなたの名前(例: 田中)
  2. データディレクトリパス: 症例フォルダ(CHIBAMI_xxx_pre)が含まれるディレクトリ
  3. Excelラベルファイルパス: 正解ラベルが記載されたExcelファイル(CHIBAMI_case_list_xxx.xlsx)

📁 参照ボタン をクリックすると、フォルダ/ファイル選択ダイアログが開きます(Windows)。

ステップ2: アノテーション画面

画像ビューアー

  • スライダーで約20フレームの画像を前後にスクロール
  • キーボードショートカット: ←/→ または a/f でフレーム移動

症例ナビゲーション

  • ドロップダウンで症例を選択(完了済み症例には ✓ マーク)
  • ← 前へ / 次へ → ボタンで前後の症例に移動

アノテーション入力

  1. 合併症予測: なし / あり を選択
  2. 確信度: スライダーで0〜100%を設定
  3. 判断根拠: 該当するものを全てチェック(複数選択可)
    • 石灰化プラークが多い / 少ない
    • 減衰プラークが多い / 少ない
    • その他(記述)
  4. 自由記述欄: 追加のコメントや所見

保存

💾 保存して次へ ボタンをクリックすると、自動的に次の未完了症例へ移動します。


データ形式

入力データ構造

データディレクトリ/
├── CHIBAMI_134_pre/images/*.png (約20枚)
├── CHIBAMI_135_pre/images/*.png
└── ...

推奨: 画像データはローカルディスクに配置してください(クラウドストレージは読み込みが遅い場合があります)。

出力CSV形式

保存場所: データディレクトリ直下 (annotations_{アノテーター名}.csv)

文字エンコーディング: utf-8-sig(Excelで開いても文字化けしません)


トラブルシューティング

Pythonがインストールされていない

Python 3.10以上をインストールしてください。

  • Windows: Python公式サイト(「Add Python to PATH」に必ずチェック)
  • macOS: brew install python@3.10

📁 参照ボタンが機能しない

macOSの場合、Finderでフォルダ/ファイルを選択し、Command + Option + C でパスをコピーして貼り付けてください。

画像が表示されない

データディレクトリ内に CHIBAMI_{番号}_pre/images/*.png が存在するか確認してください。



ライセンス

研究用途のみ。商用利用不可。


更新履歴

v1.1.0 (2025-12-22)

  • 確信度をスライダー方式に変更

v1.0.0 (2025-12-08)

  • 初回リリース