アーキテクチャ設計 (Architecture)

基本方針 (Principles)

実データに触るコードはサーバでしか動かさない．手元では合成データで同じコードパスを流す
手元への回収はホワイトリスト方式．回収対象を明示的に列挙し，列挙外（画像・manifest・患者 ID）は持ち帰れないようにする
設定は YAML に集約し，pydantic で検証する．コードに絶対パス・閾値を書かない
実験は runs/<実験ID>/ に閉じる．同じ設定と seed で同じ結果に辿れるようにする

ディレクトリ構成 (Directory Layout)

TIASJudgeModel/
├── configs/                      # 実験設定 YAML
├── src/tias_judge_model/
│   ├── schema.py                 # pydantic 設定スキーマ
│   ├── data/                     # manifest 読み込み・Dataset・分割・前処理
│   ├── models/                   # timm ラッパ（アーキテクチャ差し替え点）
│   ├── training/                 # 学習ループ・損失・スケジューラ
│   ├── evaluation/               # 指標・混同行列・レポート生成
│   ├── baseline/                 # ルールベース比較（扱いは未定）
│   ├── remote/                   # リモート実行（tar over ssh・tmux・回収）
│   ├── segmentation/             # 舌のセグメンテーション（DeepTIAS 2.7 の手順の Python 版）
│   ├── deploy/                   # 配布用の参照実装（TIASjudge にコピーする単一ファイル．NumPy のみ）
│   └── cli/                      # エントリポイント
├── scripts/                      # 合成データ生成・manifest 生成
├── tests/
├── data/                         # .gitignore（合成データ．実データは置かない）
└── runs/                         # .gitignore（実験結果）

依存方向は cli → training / evaluation → data / models の一方向とする．data と models は CLI・学習ループを import しない．

データ契約 (Data Contract)

元データは研究室 PC の C:\Users\Papin\clinical-data\TIASJudgeModel\ にラベルごとの 9 フォルダとして置かれている（ENV_03）．サーバへコピーした後の配置（~/data/TIASJudgeModel/）:

~/data/TIASJudgeModel/
├── images/
│   ├── light_red_normal/    # ラベル＿程度のスラッグごとのディレクトリ
│   ├── dark_red_strong/
│   ├── dark_red_mild/
│   ├── purple_strong/
│   ├── purple_mild/
│   ├── red_strong/
│   ├── red_mild/
│   ├── pale_strong/
│   └── pale_mild/
└── manifest.csv             # 学習が読む唯一の入口

ディレクトリ名は <label>_<severity> のスラッグとする（研究室 PC 側の日本語フォルダ名との対応は ENV_03．日本語名のまま転送すると文字コード差で壊れるため）．

manifest.csv の列:

列名	内容	備考
`image_path`	`images/` からの相対パス	—
`patient_id`	患者を一意に識別する ID	必須．分割の単位になる
`label`	舌色 5 分類のいずれか	元データのフォルダ名に由来
`severity`	程度（`strong` / `mild` / `normal`）	学習には使わず，評価の層別分析に使う
`note`	任意の備考	除外理由等

manifest はサーバ上の生成スクリプトで作る．元データはラベルごとのフォルダに分かれているため，フォルダ名から label と severity を決める（対応表は TEST_01 データセット構成調査）
patient_id について: 現在のデータセットは 1 患者 1 枚であることを確認済み（2026-09-27）．したがって画像 ID をそのまま patient_id とする．この前提が崩れる（同一患者の複数枚が追加される）場合は，実際の患者 ID を入れ直す必要がある（同一患者が分割を跨ぐと評価が壊れるため）．分割処理は常に patient_id 単位で行い，前提が変わってもコードを変えずに済むようにする
前提が確認できない新規データに対しては，画像 ID を患者 ID と見なす代替を自動では行わない．生成を止めて人間が判断する

manifest の検証規則 (Validation Rules)

読み込み時・生成時とも，問題があれば黙って除外せず ValueError で停止する（.claude/rules/error-handling.md）．メッセージは行番号・件数・クラス名のみで示し，患者 ID・ファイル名を含めない．

対象	停止する条件
読み込み	必須列（`image_path`・`patient_id`・`label`・`severity`）の欠落，`patient_id` が空，未知の `label` / `severity`，無効な組み合わせ，`image_path` の重複，同一 `patient_id` に異なる `label`，`image_path` が絶対パス・`..` を含む・区切りが `\`
生成	`images/` 直下の想定外のディレクトリ名・ファイル，クラスディレクトリ内のサブディレクトリ・PNG 以外のファイル，画像が 0 枚のクラスディレクトリ（クラスが欠けたまま学習が進むのを防ぐため），ファイル名の stem の重複（患者 ID と見なせなくなるため）

note 列は読み込み時に省略できる（無ければ空文字）
同一 patient_id で同じ label の複数行は許す（1 患者複数枚に備える）

設定ファイル (Configuration)

実験条件は configs/*.yaml に置き，pydantic で検証する（未知のキーは拒否する）．

キー	内容	既定値
`data.root`	データのルート（`images/` と manifest を含む）．`~` を展開する．相対パスはカレントディレクトリ基準	なし（必須）
`data.manifest`	manifest のパス．相対パスは `data.root` 基準	`manifest.csv`
`data.severities`	学習・評価に使う程度（`strong`・`mild`・`normal` の部分集合）．空・重複・未知の値は不可．分割の後に適用する（SPEC_02「程度（ややあり）の扱い」）	`[strong, mild, normal]`
`split.seed`	分割の seed	42
`split.val_ratio`・`split.test_ratio`	単一分割の比率．各 0 より大きく，合計 1 未満	0.15・0.15
`split.n_folds`	交差検証の fold 数（2 以上）	5

環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先する（サーバと手元で同じ設定ファイルを使い回せるようにするため）
学習・モデル関連の設定は model・train 節に置く（キーと既定値は SPEC_02「学習の設定」）．学習しないコマンド（tias-dataset）では省略できる

クラス定義 (Class Definition)

内部表現は英字 slug，表示は日本語とし，整数 ID を固定して混同行列の軸をぶらさない．

ID	slug	表示
0	`pale`	淡白
1	`light_red`	淡紅
2	`red`	紅
3	`dark_red`	暗赤紅
4	`purple`	紫

※ 表示名は元データのフォルダ名に合わせている（「暗赤紅」）．順序尺度として扱えるかは未確定（SPEC_02 参照）．

実験の出力 (Run Artifacts)

runs/<実験ID>/
├── config.yaml            # 解決済み設定 ＋ git コミットハッシュ ＋ seed
├── history.csv            # エポックごとの損失・指標
├── metrics.json           # 最終指標（macro F1・accuracy・クラス別）
├── confusion_matrix.csv   # 混同行列の数値
├── log.txt
├── figures/               # 図専用（学習曲線・混同行列等）．症例画像は書き込まない
│   └── confusion_matrix.png
├── dataset_summary.json   # データセット集計の結果（集計値のみ．データセット集計の実行時）
├── split.json             # 分割結果（患者 ID を含む．回収しない）
└── checkpoints/best.pt

実験 ID の書式: YYYYmmdd-HHMMSS_<名前>_<git短縮ハッシュ>（<名前> は学習なら設定ファイル名，データセット集計なら survey）

サーバには .git を送らないため，git のハッシュは手元で求めて tias-remote run が環境変数 TIAS_GIT_COMMIT で渡す（SPEC_03）．未コミットの変更（未追跡ファイルを含む．git status --porcelain が空でない）があるときは末尾に -dirty が付く．値は英数字で始まり英数字・_・- の 64 文字以内でなければ拒否する．環境変数が無い場合（手元での直接実行等）は nogit とする
figures/ には図だけを置き，症例画像（舌画像そのもの・切り出し・誤分類例の画像）を書き込まない．回収ホワイトリストが figures/*.png を回収対象にしているため
患者 ID・画像ファイル名を含む出力（分割結果・個票の予測）は上記の回収対象外の名前で保存する

回収ホワイトリスト (Pull Whitelist)

手元へ回収できるのは以下の名前が一致するファイルのみ．列挙外のファイルは回収しない（拡張子や中身での判断はしない）．リモート実行ツール（SPEC_03）がこの制約を実装する．

回収する（`runs/<実験ID>/` 配下）	回収しない
`config.yaml`・`history.csv`・`metrics.json`・`confusion_matrix.csv`・`log.txt`・`dataset_summary.json`・`color_model.json`	上記以外のすべて（`split.json`・個票の予測（`predictions.csv`）・画像・manifest 等）
`figures/*.png`	`figures/` 以外にある `*.png`
`checkpoints/.pt`（明示的に指定したときのみ*）	指定が無いときの `checkpoints/`

ジョブのログ（runs/_remote_logs/<ジョブ名>.log）はファイルとしては回収せず，tias-remote logs で表示して確認する（ログに個人情報を出さない規則が前提．.claude/rules/coding-style.md）
color_model.json は tias-train color-export が書き出す判定モデル（特徴の定義・標準化の平均と尺度・係数・切片・クラス・学習条件）で，患者 ID・ファイル名・画像単位の値を含まない
データディレクトリ（~/data/TIASJudgeModel/）からは何も回収しない
個票（画像ごとの予測）が必要な分析はサーバ上で行い，集計結果だけを上記の名前で書き出して持ち帰る

コマンド	役割	実行場所
`tias-dataset build-manifest`	`images/` を走査して `manifest.csv` を書き出す（既存があれば `--overwrite` が必要）	サーバ
`tias-train cv --config PATH`	5-fold 交差検証で学習・評価し，`runs/<実験ID>/` に書き出す（SPEC_02「交差検証の実行」）．最後に実験 ID を出力する	サーバ（GPU）
`tias-train color-cv --config PATH`	色特徴分類器（SPEC_02「色特徴分類器」）を同じ分割で交差検証し，同じ形式で書き出す（学習曲線・重みは出さない）．最後に実験 ID を出力する	サーバ（CPU）
`tias-train color-export --config PATH`	色特徴＋ロジスティック回帰の最終モデルを全データ（`data.severities` 適用後）で学習し，TIASjudge 用の `color_model.json` と C の選択の記録（`metrics.json`）を書き出す．NumPy だけの参照実装は `src/tias_judge_model/deploy/color_model.py`	サーバ（CPU）
`tias-seg eval --config PATH`	Python 版セグメンテーション（DeepTIAS 2.7 の再現．onnxruntime・OpenCV）を正解マスク付きデータで評価し，IoU・Dice の集計値を `metrics.json` に書き出す（画像ごとの値はサーバ上の `predictions.csv`）	サーバ（CPU）
`tias-dataset survey`	データセットを集計して `runs/<実験ID>/` に集計値だけを書き出す（下記）	サーバ（結果の要約のみ手元へ）
学習	設定 YAML を受け取って学習する	サーバ
評価	学習済み run の評価・レポート生成	サーバ
リモート実行	コード送信・ジョブ実行・結果回収・GPU 空き確認（複数サーバ．SPEC_03）	手元

tias-dataset survey は manifest と画像を読み，集計値だけを runs/<実験ID>/dataset_summary.json と runs/<実験ID>/figures/ に書き出す．画像単位の値・患者 ID・ファイル名は出力しない（ログも同様）．集計の単位は <label>_<severity> の 9 グループと，クラス（5）・全体．

項目	内容
件数	グループ・クラス・程度ごとの画像数と患者数．条件ごと（`data.severities` の 2 条件）の件数
読み込み	読めなかった画像の件数，RGB 以外のモード・アルファチャンネル付きの件数
サイズ	幅・高さの最小・最大・平均・中央値
舌領域の割合	画像に占める舌領域（背景でない画素）の割合の最小・平均・最大
舌領域の色（Lab）	画像ごとに舌領域の L・a・b* の平均を求め，グループごとにその平均・標準偏差・中央値・10/90 パーセンタイルを出す
グループ間の色差	グループ平均どうしの色差 ΔE（CIE76）．特に各 `mild` グループについて「淡紅（`light_red_normal`）との ΔE」と「同じクラスの `strong` との ΔE」を並べる
分割の確認	既定の設定で分割したときの，各分割・グループの件数（患者 ID は出さない）

背景の定義: RGB がすべて 0 の画素を背景（マスク外）とし，それ以外を舌領域とする（TEST_01．マスク外は黒 (0,0,0)）
Lab の計算: sRGB（ガンマ補正を外して線形化）→ XYZ（D65）→ CIE L*a*b*（D65 白色点）．新しい依存を増やさず NumPy で計算する．画像の平均 Lab は，画素ごとに Lab へ変換してから舌領域で平均する（平均 RGB を変換するのではない）
RGBA 等のアルファ付き画像は「RGB 以外のモード」と「アルファ付き」の両方に数え，RGB に変換してから測る
図（figures/）: グループごとの L*・a*・b* の分布（箱ひげ図等）．画像そのもの・画像の切り出しは描かない
読めない画像があっても集計は止めず，件数として報告する（集計は現状把握のためであり，学習時の fail fast とは目的が異なる）．ただし manifest の検証エラーは従来どおり停止する