[fix] ruff check の既存違反 299 件を解消し依存更新の検証スイートに組み込む ...

- ruff.toml の行長を 88 → 100 に緩和し，テンプレート管理の .claude/ を対象外に
- I001・F401 を自動修正，F841 と行長 100 超の E501 26 件を手で修正（挙動・出力文字列は不変）
- scripts をリポジトリ外 cwd から起動するスモークテスト test_script_entrypoints.py を追加
- coding-style.md の行長記述，ENV_04 の検証スイート（uv run ruff check . を追加），PROGRESS.md を更新

Refs #15

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