diff --git a/.claude/commands/sync-template.md b/.claude/commands/sync-template.md
index 59733a8..0372706 100644
--- a/.claude/commands/sync-template.md
+++ b/.claude/commands/sync-template.md
@@ -12,6 +12,18 @@
 
 テンプレート URL: `https://github.com/rintoHasegawa/programming-template.git`
 
+## マージ必須ファイル (Merge-required Files)
+
+以下のファイルは「プロジェクト固有の内容 + テンプレートの共通ルール」のハイブリッドのため，**上書きせずマージする**．コピー処理（ステップ 5.3）に入る前に対象ファイルかを判定し，該当する場合はステップ 5.4 のマージ手順に分岐させる．
+
+| ファイル | 理由 | マージ方針 |
+| --- | --- | --- |
+| `.gitignore` | フレームワーク固有ルール（Flutter/Node 等）を保持する必要がある | テンプレート側の実効行で既存に含まれないもののみを追記．既存行は触らない |
+| `CLAUDE.md` | プロジェクト名・開発進捗・固有規約を保持する必要がある | テンプレートで変更された共通セクション（必須ルール，エージェントチーム，ドキュメント構成等）のみを Edit で更新．プロジェクト固有セクションは触らない |
+| `.gitattributes` | プロジェクトによって設定が異なる可能性がある | 差分を表示し，ユーザーに「上書き / マージ / スキップ」を問う |
+
+マージ処理の対象は **既存ファイルが存在する場合のみ**．初回同期（`.claude/template-sync-sha` がない状態）では全ファイルが A 扱いとなるが，これらのファイルはフレームワーク初期化（`flutter create` / `npm init` 等）や `/init` で既にプロジェクトに存在するのが通常なので，そのままマージ処理に入る．既存ファイルがない稀なケースに限り通常の `cp` で配置する．
+
 ## ステップ 1: 事前確認
 
 `git status` でワーキングツリーがクリーンか確認する．
@@ -64,7 +76,7 @@
 
 ## ステップ 4: 変更一覧をユーザーに提示
 
-取り込み対象のファイル一覧を種別ごとに整理してユーザーに提示する:
+取り込み対象のファイル一覧を種別ごとに整理してユーザーに提示する．マージ必須ファイル（`.gitignore`, `CLAUDE.md`, `.gitattributes`）に変更がある場合は，**ユーザーが取り込み前に影響範囲を把握できるよう差分サマリーを先出しする**:
 
 「**テンプレートに以下の変更があります:**
 
@@ -73,54 +85,154 @@
 - 削除 (D): {ファイル一覧}
 - リネーム (R): {旧名 → 新名}
 
+**⚠ マージ必須ファイル（上書きせず差分マージします）:**
+
+- `.gitignore`（既存 {N} 行 / テンプレート {M} 行．既存の固有ルールを保持し，テンプレート側で追加されている {K} 行を追記）
+- `CLAUDE.md`（既存にプロジェクト固有セクションが {L} 行．テンプレート更新セクションのみマージ）
+- `.gitattributes`（差分 {D} 行．処理方針をユーザーに確認）
+
 取り込みを開始します．」
 
+差分サマリーは以下で取得する（該当ファイルがマージ対象かつ既存ファイルがある場合のみ出力）:
+
+```bash
+# 既存ファイル行数
+wc -l .gitignore CLAUDE.md .gitattributes 2>/dev/null
+
+# テンプレート側の実効行数（.gitignore）
+grep -vE '^\s*(#|$)' "$TEMP_DIR/.gitignore" | wc -l
+
+# 既存ファイルとテンプレート最新版の差分プレビュー
+diff -u .gitignore "$TEMP_DIR/.gitignore" | head -30
+diff -u CLAUDE.md "$TEMP_DIR/CLAUDE.md" | head -50
+diff -u .gitattributes "$TEMP_DIR/.gitattributes" | head -30
+```
+
 ## ステップ 5: ブランチ作成とファイル反映
 
-1. `git checkout -b chore/sync-template` でブランチを作成する
-   - 既に同名のブランチが存在する場合は削除してから作り直す
+### 5.1 ブランチ作成
 
-2. 追加・変更・リネーム先を反映する:
+`git checkout -b chore/sync-template` でブランチを作成する．既に同名のブランチが存在する場合は削除してから作り直す．
 
+### 5.2 マージ必須ファイル判定ヘルパー
+
+以降の処理で利用する判定関数を定義する:
+
+```bash
+MERGE_FILES=(".gitignore" "CLAUDE.md" ".gitattributes")
+
+is_merge_file() {
+  local t="$1"
+  for f in "${MERGE_FILES[@]}"; do
+    [ "$f" = "$t" ] && return 0
+  done
+  return 1
+}
+```
+
+### 5.3 通常コピー対象の反映（マージ必須ファイル以外）
+
+マージ必須ファイルは後段（5.4）で個別処理するため，このループではスキップする．既存ファイルがない場合は通常どおり `cp` で配置する:
+
+```bash
+echo "$CHANGED_ENTRIES" | while IFS=$'\t' read -r status file newfile; do
+  [ -z "$status" ] && continue
+  case "$status" in
+    A|M)
+      # マージ必須ファイルで既存ファイルがある場合は 5.4 で処理
+      if is_merge_file "$file" && [ -f "$file" ]; then
+        continue
+      fi
+      mkdir -p "$(dirname "$file")"
+      cp "$TEMP_DIR/$file" "$file"
+      ;;
+    R*)
+      # file=旧パス, newfile=新パス
+      if is_merge_file "$newfile" && [ -f "$newfile" ]; then
+        continue
+      fi
+      mkdir -p "$(dirname "$newfile")"
+      cp "$TEMP_DIR/$newfile" "$newfile"
+      ;;
+  esac
+done
+```
+
+### 5.4 マージ必須ファイルの個別処理
+
+`$CHANGED_ENTRIES` に A/M/R* で含まれ，かつ既存ファイルが存在するマージ必須ファイルについて，以下の手順で処理する．
+
+**`.gitignore` のマージ手順**
+
+1. 既存 `.gitignore` とテンプレート `$TEMP_DIR/.gitignore` を読む
+2. テンプレート側の**実効行**（コメント `#` 行・空行を除く）を抽出する:
    ```bash
-   echo "$CHANGED_ENTRIES" | while IFS=$'\t' read -r status file newfile; do
-     [ -z "$status" ] && continue
-     case "$status" in
-       A|M)
-         mkdir -p "$(dirname "$file")"
-         cp "$TEMP_DIR/$file" "$file"
-         ;;
-       R*)
-         # file=旧パス, newfile=新パス
-         mkdir -p "$(dirname "$newfile")"
-         cp "$TEMP_DIR/$newfile" "$newfile"
-         ;;
-     esac
-   done
+   grep -vE '^\s*(#|$)' "$TEMP_DIR/.gitignore"
    ```
+3. 抽出した各行について，既存ファイルに完全一致で含まれていないものだけを収集する
+4. 収集した行がある場合，既存ファイル末尾に以下のマーカー付きブロックで追記する:
+   ```
+   
+   # --- from template (sync-template) ---
+   {追加行}
+   ```
+   - 既存ファイル末尾に同じマーカーが既にある場合は，マーカー以降に追記して重複マーカーを作らない
+5. `git diff .gitignore` で結果を表示しユーザーに確認する
 
-3. 削除候補（D およびリネーム元）を抽出する:
+**`CLAUDE.md` のマージ手順**
 
+同期担当エージェント（= あなた）が Read と Edit ツールを使ってセクション単位でマージする:
+
+1. 既存 `CLAUDE.md` とテンプレート版 `$TEMP_DIR/CLAUDE.md` を Read する
+2. テンプレート側の変更箇所を特定する（初回同期は LAST_SHA がないためテンプレート全体を「更新候補」として扱う）:
    ```bash
-   DELETIONS=$(echo "$CHANGED_ENTRIES" | awk -F'\t' '$1 == "D" {print $2} $1 ~ /^R/ {print $2}')
+   if [ -n "$LAST_SHA" ]; then
+     git -C "$TEMP_DIR" show "$LAST_SHA:CLAUDE.md" 2>/dev/null > /tmp/claude_md_old || true
+     diff -u /tmp/claude_md_old "$TEMP_DIR/CLAUDE.md"
+   fi
    ```
+3. セクションを以下の基準で分類する:
+   - **共通セクション（テンプレート管理，更新対象）**: 「必須ルール」「エージェントチーム」「Git 運用」「ドキュメント」節など，テンプレートに由来する節
+   - **プロジェクト固有セクション（保持対象）**: 「プロジェクト名」「開発進捗」や，プロジェクトが追加した固有規約の節
+4. テンプレート側で変更があった共通セクションのみを Edit で既存ファイルに反映する．プロジェクト固有セクションは一切触らない
+5. `git diff CLAUDE.md` で結果を表示しユーザーに確認する
 
-4. `$DELETIONS` が空でない場合，ユーザーに確認を求める:
+**`.gitattributes` のマージ手順**
 
-   「**以下のファイルはテンプレートから削除されています:**
-
-   {削除候補一覧}
-
-   プロジェクトからも削除してよいですか？（残したいファイルがあれば指定してください）」
-
-   ユーザー確認後，対象ファイルを `rm` で削除する．プロジェクトが独自に残したいファイルは削除対象から除外する．
-
-5. 同期済み SHA を記録し，一時ディレクトリを削除する:
-
+1. 既存ファイルとテンプレート版の差分を表示する:
    ```bash
-   echo "$NEW_SHA" > .claude/template-sync-sha
-   rm -rf "$TEMP_DIR"
+   diff -u .gitattributes "$TEMP_DIR/.gitattributes"
    ```
+2. ユーザーに以下のいずれかを選ばせる:
+   - **上書き**: テンプレート版で既存を置換
+   - **マージ**: 両者のルールを統合（具体的な統合内容は対話で決定）
+   - **スキップ**: 既存ファイルを維持
+3. 選択に応じて処理する
+
+### 5.5 削除候補の確認
+
+削除候補（D およびリネーム元）を抽出する:
+
+```bash
+DELETIONS=$(echo "$CHANGED_ENTRIES" | awk -F'\t' '$1 == "D" {print $2} $1 ~ /^R/ {print $2}')
+```
+
+`$DELETIONS` が空でない場合，ユーザーに確認を求める:
+
+「**以下のファイルはテンプレートから削除されています:**
+
+{削除候補一覧}
+
+プロジェクトからも削除してよいですか？（残したいファイルがあれば指定してください）」
+
+ユーザー確認後，対象ファイルを `rm` で削除する．プロジェクトが独自に残したいファイルは削除対象から除外する．
+
+### 5.6 同期済み SHA の記録とクリーンアップ
+
+```bash
+echo "$NEW_SHA" > .claude/template-sync-sha
+rm -rf "$TEMP_DIR"
+```
 
 ## ステップ 6: 変更内容の分析
 
@@ -160,5 +272,7 @@
 
 - テンプレートリポジトリへの push は行わない
 - コード修正はユーザーの確認なしに実行しない
-- ファイルコピーによりプロジェクト固有の変更が上書きされる場合は，`git diff` で確認してユーザーに報告する
+- マージ必須ファイル（`.gitignore`, `CLAUDE.md`, `.gitattributes`）は必ずステップ 5.4 の手順でマージする．盲目的な `cp` で上書きしない（フレームワーク固有の除外ルールやプロジェクト固有セクションが失われる）
+- 通常コピー対象でもプロジェクト固有の変更が上書きされうる場合は，`git diff` で確認してユーザーに報告する
+- テンプレートが管理するのは `.claude/` 配下のうち `agents/`，`commands/`，`hooks/`，`settings.json`，`template-sync-sha` のみ．`.claude/plans/` や `.claude/commit-context.md` 等のプロジェクト固有ファイルはテンプレートに含まれないため同期対象外
 - `chore/sync-template` ブランチは他の作業ブランチと混ぜず，作成後は速やかにマージすること．複数の作業ブランチで `/sync-template` を実行すると `.claude/template-sync-sha` がコンフリクトする．コンフリクト時は新しい（HEAD 側の）SHA を採用すること．