diff --git a/configs/repeat/cv_effb0_with_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_effb0_with_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..2897387 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_effb0_with_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(EfficientNet-B0.モデル名以外は cv_with_mild.yaml と同一).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_effb0_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: efficientnet_b0 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_effb0_with_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_effb0_with_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..41c1033 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_effb0_with_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(EfficientNet-B0.モデル名以外は cv_with_mild.yaml と同一).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_effb0_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: efficientnet_b0 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_effb0_without_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_effb0_without_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..0730ae0 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_effb0_without_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(EfficientNet-B0.モデル名以外は cv_without_mild.yaml と同一).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_effb0_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: efficientnet_b0 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_effb0_without_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_effb0_without_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..1cb490c --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_effb0_without_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(EfficientNet-B0.モデル名以外は cv_without_mild.yaml と同一).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_effb0_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: efficientnet_b0 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_resnet50_with_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_resnet50_with_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..fb19ca2 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_resnet50_with_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ResNet-50.モデル名以外は cv_with_mild.yaml と同一).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_resnet50_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: resnet50 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_resnet50_with_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_resnet50_with_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..4e3395e --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_resnet50_with_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ResNet-50.モデル名以外は cv_with_mild.yaml と同一).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_resnet50_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: resnet50 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_resnet50_without_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_resnet50_without_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..0997c39 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_resnet50_without_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ResNet-50.モデル名以外は cv_without_mild.yaml と同一).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_resnet50_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: resnet50 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_resnet50_without_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_resnet50_without_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..74cd004 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_resnet50_without_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ResNet-50.モデル名以外は cv_without_mild.yaml と同一).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_resnet50_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: resnet50 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_vits_with_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_vits_with_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..3c80b5c --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_vits_with_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ViT-Small.モデル名以外は cv_with_mild.yaml と同一).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_vits_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: vit_small_patch16_224 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_vits_with_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_vits_with_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..061377a --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_vits_with_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ViT-Small.モデル名以外は cv_with_mild.yaml と同一).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_vits_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: vit_small_patch16_224 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_vits_without_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_vits_without_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..83c7b68 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_vits_without_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ViT-Small.モデル名以外は cv_without_mild.yaml と同一).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_vits_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: vit_small_patch16_224 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_vits_without_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_vits_without_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..e93e2df --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_vits_without_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).モデル比較用(ViT-Small.モデル名以外は cv_without_mild.yaml と同一).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_vits_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: vit_small_patch16_224 + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_with_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_with_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..975b011 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_with_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: convnext_tiny + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_with_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_with_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..6d7bd0e --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_with_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり込み): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_with_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, mild, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: convnext_tiny + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_without_mild_s43.yaml b/configs/repeat/cv_without_mild_s43.yaml new file mode 100644 index 0000000..878bab7 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_without_mild_s43.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).分割 seed 43 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 43 + n_folds: 5 + +model: + name: convnext_tiny + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true diff --git a/configs/repeat/cv_without_mild_s44.yaml b/configs/repeat/cv_without_mild_s44.yaml new file mode 100644 index 0000000..1484d69 --- /dev/null +++ b/configs/repeat/cv_without_mild_s44.yaml @@ -0,0 +1,27 @@ +# 5-fold 交差検証(ややあり除外.held_out は全程度で評価する): 計算サーバ上の実データで学習・評価する(SPEC_02「交差検証の実行」).分割 seed 44 の繰り返し(seed 以外は configs/cv_without_mild.yaml と同一) +# 臨床データはサーバ上にのみ置く.手元ではこの設定で実行しない. +# 環境変数 TIAS_DATA_ROOT が設定されていれば data.root より優先される. +data: + root: ~/data/TIASJudgeModel + manifest: manifest.csv # data.root からの相対パス + severities: [strong, normal] + +split: + seed: 44 + n_folds: 5 + +model: + name: convnext_tiny + pretrained: true + +train: + image_size: 224 + batch_size: 32 + max_epochs: 40 + patience: 8 + lr: 1.0e-4 + weight_decay: 0.05 + warmup_epochs: 2 + inner_val_ratio: 0.15 + num_workers: 4 + amp: true