diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md index de785d7..79d8713 100644 --- a/CLAUDE.md +++ b/CLAUDE.md @@ -7,7 +7,7 @@ ## 開発進捗 -最新: 要確認リスト（受け取ったデータを全部入れて印を付ける）と `tiasdata backup` を実装．次は Step 6 の続き（研究室 PC で init・再取り込み・版 1・バックアップ） +最新: PLAN_02 Step 6（研究室 PC での運用開始．舌色データ 1085 枚を取り込み，版 1＝1081 枚）完了．次は Step 7（計算サーバへの受け渡し） ※ 本欄は**最新ステップ 1 行のみ上書き更新**．詳細な進捗履歴（動機・設計判断・失敗パターン）は [docs/PROGRESS.md](docs/PROGRESS.md) に追記する．運用ルールは `.claude/rules/progress-log.md` を参照（該当ファイル編集時に自動ロードされる）． ## 必須ルール（コード実装時） diff --git "a/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" "b/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" index 18a5cd6..531571d 100644 --- "a/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" +++ "b/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" @@ -58,10 +58,10 @@ ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && git pull && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe sync --no-dev --extra import && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe run --no-dev --extra import tiasdata init" ``` -- ※ clone・`uv sync` は未検証（立ち上げの成果物を `main` に取り込んだ後に実行する）．デプロイキーでの接続（`git ls-remote`）は 2026-10-02 に確認済み +- clone・`uv sync`・更新（`git pull` → `uv sync` → `init`）は 2026-10-09 に上記の手順で行い，確認済み - 研究室 PC からは取得しかできない（デプロイキーは読み取り専用）．研究室 PC では編集・push しない（上記「操作方針」） - 置き場所は `C:\Users\Papin\source\`（OneDrive の同期対象外）．**ドキュメント・デスクトップ配下には置かない**（研究室 PC ではドキュメントフォルダが OneDrive にリダイレクトされている） -- 目録・ストア・対応表は `E:\clinical-data\tiasdata\`・`tiasdata-identity\` に置き，場所は設定ファイル `C:\Users\Papin\.config\tiasdata\config.toml` に書く（配置と設定のキーは [SPEC_01「配置」「設定ファイル」](../04_SPEC/SPEC_01_アーキテクチャ設計.md)）．設定ファイルの作成と `tiasdata init` は実装後に行う ※ 未検証 +- 目録・ストア・対応表は `E:\clinical-data\tiasdata\`・`tiasdata-identity\` に置き，場所は設定ファイル `C:\Users\Papin\.config\tiasdata\config.toml` に書く（配置と設定のキーは [SPEC_01「配置」「設定ファイル」](../04_SPEC/SPEC_01_アーキテクチャ設計.md)）．設定ファイルは 2026-10-09 に作成済み（取り込み元 `tiasjudgemodel`・計算サーバ `newton`・`archimedes`．中身は SPEC_01 の例のとおり）．作り直すときは既存のものを上書きしない ## 使う側のリポジトリへの組み込み (Using from Other Repositories) diff --git "a/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" "b/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" index 5f55224..a4dfab0 100644 --- "a/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" +++ "b/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" @@ -95,7 +95,11 @@ 立ち上げの成果物を `main` に取り込んだ後に行う．手順は [ENV_02「研究室 PC のセットアップ」](ENV_02_環境構築手順.md)． -- ※ 未検証（2026-10-02 時点で `main` は初期コミットのみ） +- 2026-10-09 に実施した（手元 PC から SSH．PLAN_02 Step 6） + 1. GitHub からデプロイキーで clone し，`uv sync --no-dev --extra import` + 2. 設定ファイル `C:\Users\Papin\.config\tiasdata\config.toml` を作成（既にあれば上書きしないスクリプトを標準入力で流した） + 3. `tiasdata init` → `tiasdata import tiasjudgemodel` → `stats`・`check`（問題 0 件） + 4. `tiasdata dataset freeze tongue_color`（版 1・1081 枚）→ `tiasdata backup`（目録・対応表とも整合性 ok） ## Claude のアクセス制限 (Claude Access Restriction) diff --git "a/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" "b/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" index 7ed5119..952696e 100644 --- "a/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" +++ "b/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" @@ -17,7 +17,7 @@ | 3 | **取り込みと点検**: `kinds/`（`tongue_color` の値の型），`importers/tongue_color_folders`（9 フォルダ＋対応表の xlsx → 症例・撮影・ファイル・所見・由来．患者 ID は `identity.sqlite` へ），`tiasdata import`・`stats`・`check`（2026-10-06 完了） | ダミーの 9 フォルダと対応表を取り込め，同じ患者の複数枚が同じ症例にまとまる．2 回実行しても同じ結果になる．想定外の構成・対応表に無い番号で停止する．要確認リストの番号も印を付けて登録する（2026-10-08 に変更．当初は飛ばしていた）．出力に患者 ID・元のファイル名が出ない．`check` がストアの書き込み可能なファイル（読み取り専用が外れたもの）の数を報告する | | 4 | **データセットと版**: `datasets/tongue_color.toml`，`datasets.py`（定義の評価・版の作成），`tiasdata dataset freeze`・`list`・`show` | 所見を足す・訂正しても過去の版の構成が変わらない．構成が同じなら版を作らない．ダミーの所見の種類を 1 つ足しても既存の表を変えずに済む（2026-10-06 完了） | | 5 | **バンドル**: `bundle.py`（読み込み・検証）・`export.py`（書き出し），`tiasdata export`，公開 API（`load`・`open_bundle`・`Bundle.fingerprint`） | 書き出したバンドルを目録なしで読める．改変・欠けを検出する．同じ版から同じ `manifest.csv` が得られる（2026-10-08 完了） | -| 6 | **研究室 PC での運用開始**: 立ち上げの成果物と Step 1〜5 を `main` に取り込む → 研究室 PC に GitHub から clone・設定ファイル作成・`init` → 舌色データ（1085 枚）を取り込み → `check`・`stats` → 版 1 を作成 → `tiasdata backup` | すべて手元 PC から SSH で行える．取り込んだ 1085 枚（うち撮影にひも付かないファイル 2・番号 4）が 9 グループで TIASJudgeModel の TEST_01 と一致する．版 1 は撮影にひも付かない 2 ファイルを除く 1081 枚．`check` が問題 0 件 | +| 6 | **研究室 PC での運用開始**: 立ち上げの成果物と Step 1〜5 を `main` に取り込む → 研究室 PC に GitHub から clone・設定ファイル作成・`init` → 舌色データ（1085 枚）を取り込み → `check`・`stats` → 版 1 を作成 → `tiasdata backup` | すべて手元 PC から SSH で行える．取り込んだ 1085 枚（うち撮影にひも付かないファイル 2・番号 4）が 9 グループで TIASJudgeModel の TEST_01 と一致する．版 1 は撮影にひも付かない 2 ファイルを除く 1081 枚．`check` が問題 0 件（2026-10-09 完了） | | 7 | **計算サーバへの受け渡し**: `deliver.py`（tar・scp・展開・`sha256sum -c`・記録），`tiasdata deliver` | 版 1 を Newton・Archimedes に渡し，両方で照合が通り，`deliveries` に記録される．データが手元 PC を通らない | | 8 | **TIASJudgeModel の切り替え**: TIASJudgeModel にサブモジュールを追加し，`tiasdata.load("tongue_color", version=1)` から現行の manifest の形に変換して学習・評価に使う（TIASJudgeModel 側の作業ブランチで行う） | 変換した manifest の件数・`label`・`severity` の内訳が，現行の manifest から，撮影にひも付かない同じ中身の 2 組（122/184・548/566 の 4 枚）を除いたものと一致し，`patient_id` が患者単位（約 450 人）になる．患者単位の分割で交差検証をやり直し，現行（画像単位）の成績との差を記録する．実験記録にバンドルの指紋が残る．研究室 PC の固定パスを書かずに済む | diff --git a/docs/PROGRESS.md b/docs/PROGRESS.md index f94b8ae..1b728d2 100644 --- a/docs/PROGRESS.md +++ b/docs/PROGRESS.md @@ -51,3 +51,8 @@ - 設計判断: 要確認の印の付いた撮影も版に入れる（版 1 は 1081 枚の見込み）．患者が食い違う同じ中身の 2 組（122/184・548/566）は患者を作らず版に入らない．登録済みに印を足すのは書き足すだけ．対応表のバックアップは対応表のフォルダに置く（目録と分けるため） - 研究室 PC の手順: `git pull` → `uv sync --no-dev --extra import` → `tiasdata init`（0002 を適用）→ `tiasdata import tiasjudgemodel`（既存 1076 枚は飛ばし 9 枚を追加）→ `check`・`stats` → 版 1 → `backup` - 未実装・後段: `importers/tongue_color_folders.py` が約 1000 行（走査・計画と照合・登録でモジュールを分けるとよい）．別の媒体への退避は未定．書き出し先のパスが Windows の上限（260 文字）を超えると export がスタックトレースで落ちる（研究室 PC のパスでは当たらない見込み） +- [x] **PLAN_02 Step 6: 研究室 PC での運用開始**: 手元 PC から SSH で，研究室 PC に clone・設定ファイル作成・`init`・舌色データの取り込み・`check`・版 1 の作成・`backup` を行った（2026-10-09） + - 結果: 受け取った 1085 枚を全部取り込み（ファイル 1083．同じ中身の 2 組がそれぞれ 1 つ），撮影 1081・症例 450 人（撮影が 2 つ以上の患者 239 人）．要確認の印 7（撮影 5・ファイル 2）．ラベルごとの件数は TIASJudgeModel の TEST_01 と一致（同じ中身の 2 組が 1 つになった 2 グループを除く）．`check` 問題 0 件 + - 版 1: `tongue_color` v1・1081 枚（撮影にひも付かない 2 ファイルを除く）・manifest の SHA-256 `dc0f9998…`・hub_commit `769419b`．`backup` は目録・対応表とも整合性 ok + - 経緯: 最初は保留の 9 枚を飛ばして 1076 枚を取り込んだが，「受け取ったものは全部入れる」方針に変えて要確認リストを実装し，再取り込みで 9 枚を追加した（既存の ID は不変） + - 未実装・後段: Step 7（計算サーバへの受け渡し `tiasdata deliver`）．別の媒体へのバックアップの退避．要確認 9 枚の確認（患者は研究室のサーバの元のデータで，ラベルは評価者に）