diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md index 4a28aba..1f3ff21 100644 --- a/CLAUDE.md +++ b/CLAUDE.md @@ -2,14 +2,22 @@ 舌診研究のデータ（舌画像・ラベル・派生データ等）を研究室 PC で一元管理する共有データ基盤．舌診研究の各リポジトリ（TIASJudgeModel・TIASjudge・DeepTIAS 等）はこのリポジトリをサブモジュール／パッケージとして参照し，データセット名を指定してデータを取り出す． +- 技術スタック: Python 3.12・uv，目録は SQLite（標準 `sqlite3`）＋ファイルのストア（SHA-256 名），実行時の依存は pydantic のみ．CLI `tiasdata`（argparse） +- 運用: 原本と目録は研究室 PC，学習は計算サーバ（Newton・Archimedes）へ版ごとのバンドルで渡す．開発は手元 PC（ダミーデータのみ） + ## 開発進捗 -最新: GUIDE_01 に従いプロジェクト立ち上げ中 +最新: プロジェクト立ち上げ完了．次は PLAN_02 Step 1（設定と目録の土台） ※ 本欄は**最新ステップ 1 行のみ上書き更新**．詳細な進捗履歴（動機・設計判断・失敗パターン）は [docs/PROGRESS.md](docs/PROGRESS.md) に追記する．運用ルールは `.claude/rules/progress-log.md` を参照（該当ファイル編集時に自動ロードされる）． ## 必須ルール（コード実装時） - +### 臨床データの扱い（最重要） + +- データ本体・実際の患者 ID ↔ 研究用 ID の対応表をリポジトリに入れない．手元 PC に臨床データを置かない．リポジトリに置くのはスキーマ・ライブラリ・CLI・手順書・ダミーデータだけ（PLAN_01「制約」） +- Claude はデータの中身を読まない．研究室 PC は手元 PC から `ssh labpc` で操作し，SSH の先でデータの中身・ファイル一覧を表示しない（`.claude/rules/lab-pc-operation.md`．常時ロードされる） +- CLI の出力・ログ・例外メッセージには件数・研究用 ID・SHA-256・種類名・所見の値だけを出す（SPEC_03「出力の規則」） +- データの場所をコードに書かない．凍結した版・所見の行を書き換えない（`.claude/rules/coding-style.md`） ### Git 運用 @@ -67,7 +75,7 @@ - プロジェクト立ち上げフロー: docs/01_GUIDE/GUIDE_01_プロジェクト立ち上げフロー.md - エージェント運用ルール: docs/01_GUIDE/GUIDE_02_エージェント運用ルール.md - ※ Git 規約・ドキュメント書式・命名規則・進捗記録・テンプレート改変記録は `.claude/rules/`（git-conventions / markdown-style / docs-naming / progress-log / template-customization）に定義されている（git-conventions は常時，他は該当ファイル編集時に自動ロード） -- ※ コーディング規約，テスト方針等はプロジェクト立ち上げ時に path-scoped rules（`.claude/rules/`）として作成する（GUIDE_01 参照） +- ※ プロジェクト固有の規約は `.claude/rules/` の coding-style / project-structure / testing / error-handling（該当ファイル編集時に自動ロード）と lab-pc-operation（常時ロード） ### 02_ENV（環境） @@ -76,23 +84,17 @@ - 管理者用環境構築手順: docs/02_ENV/ENV_03_管理者用環境構築手順.md - 開発コマンド: docs/02_ENV/ENV_04_開発コマンド.md - - ### 03_PLAN（計画） - 要件定義書: docs/03_PLAN/PLAN_01_要件定義書.md - 開発ステップ: docs/03_PLAN/PLAN_02_開発ステップ.md - - ### 04_SPEC（仕様・設計） - アーキテクチャ設計: docs/04_SPEC/SPEC_01_アーキテクチャ設計.md - データモデル: docs/04_SPEC/SPEC_02_データモデル.md - データセットと受け渡し: docs/04_SPEC/SPEC_03_データセットと受け渡し.md - - ### 05_TECH（技術設計） diff --git "a/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" "b/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" index 4b944f9..ea2ab7f 100644 --- "a/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" +++ "b/docs/02_ENV/ENV_02_\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" @@ -26,7 +26,6 @@ ```bash git clone https://github.com/rintoHasegawa/TIASDataHub.git cd TIASDataHub -git remote add nakaguchi https://git.nakaguchi.org/git/hasegawa/TIASDataHub.git uv sync uv run pytest ``` @@ -46,10 +45,10 @@ ## 研究室 PC のセットアップ (Lab PC Setup) -GitHub の認証情報は置かず，研究室の GitBucket から取得する．手元 PC から次のように実行する（uv は非対話の SSH では PATH に入らないため絶対パスで呼ぶ）． +GitHub から取得する．研究室 PC には個人のアカウントの認証情報を置かず，このリポジトリ専用の**読み取り専用のデプロイキー**（SSH の別名 `github-tiasdatahub`）で取得する（設定は [ENV_03「研究室 PC のデプロイキー」](ENV_03_管理者用環境構築手順.md)）．手元 PC から次のように実行する（uv は非対話の SSH では PATH に入らないため絶対パスで呼ぶ）． ```bash -ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source && git clone https://git.nakaguchi.org/git/hasegawa/TIASDataHub.git" +ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source && git clone git@github-tiasdatahub:rintoHasegawa/TIASDataHub.git" ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe sync --no-dev" ``` @@ -59,7 +58,8 @@ ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && git pull && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe sync --no-dev" ``` -- ※ 未検証（GitBucket の `main` がまだ空のため．立ち上げの成果物を `main` に取り込み，`git push nakaguchi main` で反映した後に実行する） +- ※ clone・`uv sync` は未検証（立ち上げの成果物を `main` に取り込んだ後に実行する）．デプロイキーでの接続（`git ls-remote`）は 2026-10-02 に確認済み +- 研究室 PC からは取得しかできない（デプロイキーは読み取り専用）．研究室 PC では編集・push しない（上記「操作方針」） - 置き場所は `C:\Users\Papin\source\`（OneDrive の同期対象外）．**ドキュメント・デスクトップ配下には置かない**（研究室 PC ではドキュメントフォルダが OneDrive にリダイレクトされている） - 目録・ストア・対応表は `C:\Users\Papin\clinical-data\tiasdata\`・`tiasdata-identity\` に置き，場所は設定ファイル `C:\Users\Papin\.config\tiasdata\config.toml` に書く（配置と設定のキーは [SPEC_01「配置」「設定ファイル」](../04_SPEC/SPEC_01_アーキテクチャ設計.md)）．設定ファイルの作成と `tiasdata init` は実装後に行う ※ 未検証 diff --git "a/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" "b/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" index c89bbe8..fb8a1be 100644 --- "a/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" +++ "b/docs/02_ENV/ENV_03_\347\256\241\347\220\206\350\200\205\347\224\250\347\222\260\345\242\203\346\247\213\347\257\211\346\211\213\351\240\206.md" @@ -29,17 +29,6 @@ ※ 依存バージョンの定期更新は `.github/dependabot.yml` で設定する（`uv`・`github-actions`．リポジトリ設定とは独立に動く）． -## 研究室の GitBucket (Lab GitBucket) - -研究室の GitBucket に**コピー**を置く（メインは GitHub）．リポジトリ `hasegawa/TIASDataHub` は作成済み． - -```bash -git remote add nakaguchi https://git.nakaguchi.org/git/hasegawa/TIASDataHub.git -``` - -- `main` にマージしたら `git push nakaguchi main` で反映する -- 研究室 PC は GitBucket から clone・pull する（GitHub の認証情報を研究室 PC に置かないため）．研究室 PC から認証なしで `git ls-remote` できることを 2026-10-02 に確認した - ## 研究室 PC のツール導入 (Lab PC Tools) 2026-10-02 に手元 PC から SSH（`ssh labpc`）で実施．研究室 PC には `git` はあったが，`uv`・`gh` は無く，`python` は Microsoft Store の案内用スタブだけだった． @@ -52,11 +41,48 @@ - uv 0.12.22・Python 3.12.15 がユーザー領域（`C:\Users\Papin\.local\bin`・`C:\Users\Papin\AppData\Roaming\uv\python\`）に入った．管理者権限は不要 - `gh` は入れない（研究室 PC では編集・コミットしない） +## 研究室 PC のデプロイキー (Lab PC Deploy Key) + +研究室 PC が GitHub（Private）から取得するため，このリポジトリ専用の**読み取り専用のデプロイキー**を使う（個人のアカウントの認証情報を研究室 PC に置かないため）．2026-10-02 に手元 PC から SSH で実施． + +1. 研究室 PC で鍵を作る（パスフレーズなし） + + ```bash + ssh -n labpc 'ssh-keygen -q -t ed25519 -f C:\Users\Papin\.ssh\id_ed25519_tiasdatahub -N "" -C papin-DESKTOP-1QLOO91-TIASDataHub-deploy' + ``` + +2. 公開鍵をデプロイキーとして登録する（手元 PC の `gh`．既定で読み取り専用） + + ```bash + ssh -n labpc 'type C:\Users\Papin\.ssh\id_ed25519_tiasdatahub.pub' > labpc_deploy.pub + gh repo deploy-key add labpc_deploy.pub --repo rintoHasegawa/TIASDataHub --title "labpc DESKTOP-1QLOO91 (read-only)" + ``` + +3. 研究室 PC の `C:\Users\Papin\.ssh\config` に別名を追加する + + ```text + Host github-tiasdatahub + HostName github.com + User git + IdentityFile C:/Users/Papin/.ssh/id_ed25519_tiasdatahub + IdentitiesOnly yes + ``` + +4. 接続を確かめる．初回は GitHub のホスト鍵を受け入れる（指紋が GitHub の公開値 `SHA256:+DiY3wvvV6TuJJhbpZisF/zLDA0zPMSvHdkr4UvCOqU`（ED25519）と一致することを `ssh-keygen -lF github.com` で確認した） + + ```bash + ssh -n labpc "ssh -o StrictHostKeyChecking=accept-new -T github-tiasdatahub" + ssh -n labpc "git ls-remote git@github-tiasdatahub:rintoHasegawa/TIASDataHub.git" + ``` + +- 別名を鍵ごとに分けているのは，GitHub のデプロイキーが 1 つのリポジトリにしか登録できないため（他のリポジトリを研究室 PC に置く場合は，そのリポジトリ用の鍵と別名を同様に作る） +- 鍵を作り直したら，GitHub の Settings → Deploy keys から古い鍵を削除する + ## 研究室 PC への配置 (Lab PC Deployment) -立ち上げの成果物を `main` に取り込み，`git push nakaguchi main` で GitBucket に反映した後に行う．手順は [ENV_02「研究室 PC のセットアップ」](ENV_02_環境構築手順.md)． +立ち上げの成果物を `main` に取り込んだ後に行う．手順は [ENV_02「研究室 PC のセットアップ」](ENV_02_環境構築手順.md)． -- ※ 未検証（2026-10-02 時点で GitBucket の `main` が空のため） +- ※ 未検証（2026-10-02 時点で `main` は初期コミットのみ） ## Claude のアクセス制限 (Claude Access Restriction) diff --git "a/docs/03_PLAN/PLAN_01_\350\246\201\344\273\266\345\256\232\347\276\251\346\233\270.md" "b/docs/03_PLAN/PLAN_01_\350\246\201\344\273\266\345\256\232\347\276\251\346\233\270.md" index d939fe0..d15b896 100644 --- "a/docs/03_PLAN/PLAN_01_\350\246\201\344\273\266\345\256\232\347\276\251\346\233\270.md" +++ "b/docs/03_PLAN/PLAN_01_\350\246\201\344\273\266\345\256\232\347\276\251\346\233\270.md" @@ -115,7 +115,7 @@ | 計算サーバ（Newton・Archimedes） | 学習・解析．研究室 PC から作業用コピーを受け取る | あり（作業用コピー） | | 手元 PC | 開発．ダミーデータのみ | なし | -- リモート: `origin` = GitHub（`rintoHasegawa/TIASDataHub`，Private．メイン），`nakaguchi` = 研究室の GitBucket（コピー．`main` にマージしたら `git push nakaguchi main` で反映する） +- リモート: `origin` = GitHub（`rintoHasegawa/TIASDataHub`，Private．メイン），`nakaguchi` = 研究室の GitBucket（コピー） ## 成功基準 (Success Criteria) diff --git "a/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" "b/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" index 91e544e..0f58262 100644 --- "a/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" +++ "b/docs/03_PLAN/PLAN_02_\351\226\213\347\231\272\343\202\271\343\203\206\343\203\203\343\203\227.md" @@ -17,7 +17,7 @@ | 3 | **取り込みと点検**: `kinds/`（`tongue_color` の値の型），`importers/tongue_color_folders`（9 フォルダ → 症例・撮影・ファイル・所見・由来），`tiasdata import`・`stats`・`check` | ダミーの 9 フォルダを取り込め，2 回実行しても同じ結果になる．想定外の構成で停止する．出力に元のファイル名が出ない | | 4 | **データセットと版**: `datasets/tongue_color.toml`，`datasets.py`（定義の評価・版の作成），`tiasdata dataset freeze`・`list`・`show` | 所見を足す・訂正しても過去の版の構成が変わらない．構成が同じなら版を作らない．ダミーの所見の種類を 1 つ足しても既存の表を変えずに済む | | 5 | **バンドル**: `bundle.py`（書き出し・読み込み・検証），`tiasdata export`，公開 API（`load`・`open_bundle`・`Bundle.fingerprint`） | 書き出したバンドルを目録なしで読める．改変・欠けを検出する．同じ版から同じ `manifest.csv` が得られる | -| 6 | **研究室 PC での運用開始**: 立ち上げの成果物と Step 1〜5 を `main` に取り込み GitBucket に反映 → 研究室 PC に clone・設定ファイル作成・`init` → 舌色データ（1085 枚）を取り込み → `check`・`stats` → 版 1 を作成 → `tiasdata backup` | すべて手元 PC から SSH で行える．件数が 1085 枚・9 グループで TIASJudgeModel の TEST_01 と一致する．`check` が問題 0 件 | +| 6 | **研究室 PC での運用開始**: 立ち上げの成果物と Step 1〜5 を `main` に取り込む → 研究室 PC に GitHub から clone・設定ファイル作成・`init` → 舌色データ（1085 枚）を取り込み → `check`・`stats` → 版 1 を作成 → `tiasdata backup` | すべて手元 PC から SSH で行える．件数が 1085 枚・9 グループで TIASJudgeModel の TEST_01 と一致する．`check` が問題 0 件 | | 7 | **計算サーバへの受け渡し**: `deliver.py`（tar・scp・展開・`sha256sum -c`・記録），`tiasdata deliver` | 版 1 を Newton・Archimedes に渡し，両方で照合が通り，`deliveries` に記録される．データが手元 PC を通らない | | 8 | **TIASJudgeModel の切り替え**: TIASJudgeModel にサブモジュールを追加し，`tiasdata.load("tongue_color", version=1)` から現行の manifest の形に変換して学習・評価に使う（TIASJudgeModel 側の作業ブランチで行う） | 変換した manifest が現行の manifest と同じ構成（件数・`label`・`severity` の内訳・1 患者 1 枚）になる．実験記録にバンドルの指紋が残る．研究室 PC の固定パスを書かずに済む | diff --git a/docs/PROGRESS.md b/docs/PROGRESS.md index 68e9e62..cd6fb7a 100644 --- a/docs/PROGRESS.md +++ b/docs/PROGRESS.md @@ -9,3 +9,9 @@ - 書式・運用ルールは .claude/rules/progress-log.md を参照 （本ファイルの編集時に自動ロードされる） --> + +- [x] **プロジェクト立ち上げ（GUIDE_01）**: 要件定義・技術選定・環境構築・仕様設計・規約整備・開発計画を `chore/project-setup` で完了（2026-10-02）．solo モード + - 動機: 舌診研究の各リポジトリが研究室 PC のフォルダを個別に読む形をやめ，データセット名と版で取り出せる共通の入口を作る + - 設計判断: 目録は SQLite ＋ SHA-256 名のストア（取り込み時にコピー．原本参照より版の再現が確実）．計算サーバへは版ごとのバンドル（`SHA256SUMS` 付き）を直送．所見は種類の定義＋ JSON 値で持ち，種類の追加で表を作り直さない + - 運用: 研究室 PC は手元 PC から `ssh labpc` で操作し，研究室 PC では編集しない．研究室 PC に uv 0.12.22・Python 3.12.15 を導入済み．検証プロファイルは作らない（CLI はテストと `tiasdata check` で確認する） + - 未実装・後段: `main` がまだ存在しない（GitHub・GitBucket とも空）．取り込み後に研究室 PC へ clone する（ENV_02）．次は PLAN_02 Step 1