環境構築手順 (Environment Setup)

環境の再構築・別の PC での作業開始時に使う手順．プロジェクト作成時に一度だけ行う設定は ENV_03 にまとめる．

前提ツール (Prerequisites)

場所ごとの役割 (Roles by Location)

手元 PC のセットアップ (Local Setup)

git clone https://github.com/rintoHasegawa/TIASDataHub.git
cd TIASDataHub
uv sync
uv run pytest

• uv sync で .venv/ に依存（実行時は pydantic のみ．開発用に pytest・ruff・Pillow）が入る
• 手元 PC には臨床データを置かない．テストはダミーデータ（テスト内で一時ディレクトリに作る）だけで動く

研究室 PC の操作方針 (Lab PC Operation Policy)

研究室 PC は手元 PC から SSH（ssh labpc）で操作する．研究室 PC の前で作業したり，研究室 PC で Claude Code を開いたりはしない（2026-10-02 のユーザー判断）．

• 研究室 PC は main を取り込んで CLI を実行するだけにし，研究室 PC では編集・コミットしない（変更は手元 PC で作業ブランチ → PR で main に入れる）
• SSH 経由の操作は非対話で行う（パスワード入力・GUI が必要な操作は SSH ではできない）
• SSH 経由でデータの中身を表示しない．.claude/repo-access.json のフックは SSH の先のファイル読み取りまでは止められないため，データの確認は CLI の集計出力（件数・ハッシュの不一致・参照切れ等．患者 ID・ファイル名を含まない）で行う．type・Get-Content 等でデータ置き場・目録・対応表を直接読まない
• データの置き場所は研究室 PC 上の設定ファイルから CLI が読む．SSH のコマンドにデータのパスを書かなくて済むようにする（仕様設計で決める）
• 研究室 PC 側で人間が必要な作業: 新しいデータを研究室 PC に置くこと（USB 等で持ち込む場合），GUI でしか動かないプログラムの操作，研究室 PC の起動と Tailscale への接続の維持

研究室 PC のセットアップ (Lab PC Setup)

GitHub から取得する．研究室 PC には個人のアカウントの認証情報を置かず，このリポジトリ専用の読み取り専用のデプロイキー（SSH の別名 github-tiasdatahub）で取得する（設定は ENV_03「研究室 PC のデプロイキー」）．手元 PC から次のように実行する（uv は非対話の SSH では PATH に入らないため絶対パスで呼ぶ）．

ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source && git clone git@github-tiasdatahub:rintoHasegawa/TIASDataHub.git"
ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe sync --no-dev --extra import"

更新するとき（init は新しいマイグレーションがあれば適用する．無ければ何もしない）:

ssh -n labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && git pull && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe sync --no-dev --extra import && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe run --no-dev --extra import tiasdata init"

• clone・uv sync・更新（git pull → uv sync → init）は 2026-10-09 に上記の手順で行い，確認済み
• 研究室 PC からは取得しかできない（デプロイキーは読み取り専用）．研究室 PC では編集・push しない（上記「操作方針」）
• 置き場所は C:\Users\Papin\source\（OneDrive の同期対象外）．ドキュメント・デスクトップ配下には置かない（研究室 PC ではドキュメントフォルダが OneDrive にリダイレクトされている）
• 目録・ストア・対応表は E:\clinical-data\tiasdata\・tiasdata-identity\ に置き，場所は設定ファイル C:\Users\Papin\.config\tiasdata\config.toml に書く（配置と設定のキーは SPEC_01「配置」「設定ファイル」）．設定ファイルは 2026-10-09 に作成済み（取り込み元 tiasjudgemodel・計算サーバ newton・archimedes．中身は SPEC_01 の例のとおり）．作り直すときは既存のものを上書きしない

使う側のリポジトリへの組み込み (Using from Other Repositories)

Python のプロジェクトでは，本リポジトリを git サブモジュールとして置き，編集可能なパッケージとして読み込む．

git submodule add https://github.com/rintoHasegawa/TIASDataHub.git external/TIASDataHub

# 使う側の pyproject.toml
[project]
dependencies = ["tiasdata"]

[tool.uv.sources]
tiasdata = { path = "external/TIASDataHub", editable = true }

• サブモジュールは本リポジトリの main にマージ済みのコミットを指す．使う側の作業中に基盤を直した場合は，サブモジュールの中で作業ブランチを切って本リポジトリに PR を出し，マージ後にサブモジュールの参照を更新する
• ※ 未検証（使う側への組み込みは実装フェーズで行う）

臨床データの取り扱い (Clinical Data Handling)

手順ではなく，守るべき制約である．

• データ本体と，実際の患者 ID ↔ 研究用 ID の対応表はリポジトリに入れない．.gitignore で /data/・*.sqlite・*.db・/exports/ 等を除外しているが，そもそもリポジトリの配下に置かない
• 手元 PC に臨床データを置かない
• Claude にデータの中身を読ませない．.claude/repo-access.json の deny_read に研究室 PC のデータフォルダ（E:/clinical-data）とリポジトリ内の data/・exports/ を入れている．データ置き場・DB の場所を追加・変更したら，このリストも更新する

環境再現性のルール (Reproducibility Rules)

• 依存の追加は uv add（開発用は uv add --dev）．uv.lock はコミットする
• 実行時の依存は最小限にする（使う側に入るため．ENV_01）
• データの置き場所をコードに書かない（設定ファイル・環境変数で渡す）

トラブルシューティング (Troubleshooting)