開発コマンド (Development Commands)

日常の開発で使うコマンドの一覧．コマンドを推測せず，ここに書かれたものを使う．

セットアップ (Setup)

コマンド	用途
`uv sync`	依存を `.venv/` に入れる（開発用の依存を含む）
`uv sync --no-dev --extra import`	実行時の依存と，取り込み用の openpyxl だけを入れる（研究室 PC）

テスト・lint (Test & Lint)

コマンド	用途
`uv run pytest`	テストを実行する（ダミーデータのみ）
`uv run ruff check .`	lint
`uv run ruff format .`	整形（確認だけなら `uv run ruff format --check .`）．`docs/` は `pyproject.toml` で対象外にしている（Markdown のコード例を整形させないため）

CLI

コマンド	用途
`uv run tiasdata --version`	版を表示する
`uv run tiasdata init`	設定ファイルに従って目録（`catalog.sqlite`）・`store/`・`bundles/`・`backups/`・対応表（`identity.sqlite`）を作り，スキーマのマイグレーションを適用する．何度実行してもよい（不足分だけ適用する）
`uv run tiasdata import <取り込み元の名前>`	設定ファイルの `[sources.<名前>]` を取り込む（要確認リスト `reviews/<名前>.toml` が必要．空でよい．要確認の番号も印を付けて登録する）．`--show-source-names` で問題のあったファイルの名前・対応表の行番号を表示する
`uv run tiasdata stats`	症例・撮影・ファイル・所見の件数を表示する
`uv run tiasdata check`	ストア・目録の点検（凍結した版の manifest の照合を含む）．問題が 1 件以上なら終了コード 1
`uv run tiasdata dataset list`	データセットと版の一覧
`uv run tiasdata dataset show <名前>`	版ごとの件数・作成日時・hub_commit・manifest の SHA-256・備考
`uv run tiasdata dataset freeze <名前> [--note TEXT]`	`datasets/<名前>.toml` を目録に当てはめて新しい版を作る（構成が同じなら作らない）．リポジトリに未コミットの変更があると止まる（研究室 PC は pull するだけなので通常は問題ない）
`uv run tiasdata backup`	目録と対応表をそれぞれのフォルダの `backups/` に複製し，整合性を点検する（取り込み・版の作成・編集の後に実行する）
`uv run tiasdata export <名前> --version <版>`	凍結した版をバンドル（`bundles/<名前>/v<版>/`）に書き出す．既にあれば照合して使う

設定ファイルは環境変数 TIASDATA_CONFIG のパス，無ければ ~/.config/tiasdata/config.toml（キーは SPEC_01「設定ファイル」）
手元で試すときは一時フォルダに設定ファイルを作って指す（例: TIASDATA_CONFIG="$TMPDIR/tiasdata-try/config.toml" uv run tiasdata init．臨床データは使わない）
研究室 PC では ssh labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe run tiasdata init" の形で実行する（ENV_02）
失敗時は標準エラーに 1 行を出し，終了コード 1（入力・データの問題）または 2（引数の誤り）で終わる
import は openpyxl が要る（手元は uv sync で入る．研究室 PC は uv sync --no-dev --extra import）．リポジトリの clone から実行する（要確認リストを読むため）
使う側（Python）は tiasdata.load("<名前>", version=<版>) でバンドルを開く．置き場所は環境変数 TIASDATA_BUNDLES（既定 ~/data/tiasdata）
残りのサブコマンド（受け渡し・バックアップ等）は実装した Step で追記する

依存の追加 (Dependencies)

コマンド	用途
`uv add <パッケージ>`	実行時の依存を追加する（使う側に入るため最小限にする）
`uv add --dev <パッケージ>`	開発用の依存を追加する