舌診研究のデータ（舌画像・ラベル・派生データ等）を研究室 PC でまとめて管理する共有のデータ基盤を作る．
舌診研究のデータを使うリポジトリは今後も増える．各リポジトリが個別に研究室 PC のフォルダを読む形をやめ，本リポジトリを共通の入口にする．各リポジトリは「データセット名」を指定してデータを取り出す．
- 現在あるデータは舌色の画像とラベル（5 分類＋程度）だけだが，今後ほかの種類のデータを増やす．データの種類が増えても骨組みを作り直さずに済む構造にする
- 置き場所・データ集合の版・派生データの由来を基盤側で管理し，各リポジトリの実験の再現性と由来の追跡を支える
| 区分 | 対象 |
|---|
| 直接 | 開発者本人（hasegawa）のみ |
| 使う側のリポジトリ | TIASJudgeModel（舌色分類モデルの学習），TIASjudge（舌色診断アプリ），DeepTIAS（舌画像の解析．C# WinForms），今後増えるもの |
- 研究室の他メンバーが使う予定は無い．複数人での利用（同時編集・利用者ごとの権限管理等）は考慮しない
- データの目録（カタログ）: 症例・撮影・画像ファイル・ラベル・派生データと，それらの関係を記録する
- データセットの定義と版: 「データセット名」で取り出せるデータ集合を定義し，データを追加した後も過去と同じ集合を取り出せるようにする
- 由来（プロビナンス）の記録: 派生データを「どの元データから，どのプログラムのどの版で」作ったかを記録する
- アクセス用ライブラリ（Python）: 使う側の Python プロジェクトが import して，データセット名から一覧・パスを取り出す
- CLI: データの登録・データセットの定義・manifest（CSV 等）の書き出し．Python 以外のプロジェクトや，目録に直接触れない計算サーバには書き出したファイルを渡す
- 置き場所の管理: データの実際の置き場所は設定または目録で管理し，コードに書かない
- ダミーデータ: 臨床データの無い環境（手元 PC・CI）で，ライブラリ・CLI を同じコードパスで動かすための合成データ
- 手順書: 研究室 PC での運用・データ登録・計算サーバへの受け渡しの手順
- データ本体・実際の患者 ID と研究用 ID の対応表を本リポジトリに入れること（GitHub・研究室の GitBucket のどちらにも入れない）
- 機械学習の学習・評価（TIASJudgeModel 等，使う側の仕事）
- 画像処理そのもの（色補正・セグメンテーション・特徴量の計算．DeepTIAS 等の仕事．基盤はその結果と由来を記録するだけ）
- 臨床データを手元 PC に置くこと
- 研究室の外から目録・データに直接アクセスする仕組み（Web API・クラウドストレージ等）
| データ | 内容 | 原本の置き場所（研究室 PC） |
|---|
| 舌色データセット | 舌領域を切り出した舌画像（PNG）．舌色 5 分類＋程度のラベルごとに 9 フォルダ・1085 枚．1 患者 1 枚ではない（約 450 人．2 枚以上の患者がいる．下記） | C:\Users\Papin\clinical-data\TIASJudgeModel\ |
| セグメンテーション用データ | ResUNet の開発時の画像と正解マスク | C:\Users\Papin\clinical-data\TongueSegmentation\ |
| 舌色データセットの DeepTIAS 出力 | 舌色データセットの各画像の元になった DeepTIAS の全工程の出力（1-detection〜4-featureExtraction．analysis.csv を含む）．番号ごとのフォルダ・1085 個．フォルダ名は番号だけで患者 ID を含まない | C:\Users\Papin\clinical-data\DeepTIAS_TIASJudgeModel\<番号>\ |
- 舌色データセットは DeepTIAS 2.7 の Image&Calib モードの出力（色補正後の画像を枠で切り出し，マスク外を黒にしたもの）から作られている（TIASJudgeModel の
SPEC_04）
- ラベルは現在フォルダ名で表現されている．基盤に登録するときは，フォルダ名から読み取ったラベルを目録の項目として記録する
- 画像の番号（ファイル名）と，DeepTIAS の出力側の患者 ID・何枚目の画像かの対応は，研究室 PC の対応表（
C:\Users\Papin\clinical-data\DeepTIAS後_ID_番号.xlsx）にある．2026-10-03 に件数だけを照合し，1085 枚が約 450 人分（2 枚以上の患者が 239 人・874 枚）であることが分かった（TIASJudgeModel の「1 患者 1 枚」の前提は誤りで，ユーザーも確認済み）．患者単位で扱うには，この対応表を取り込みに使う必要がある
- DeepTIAS の出力（元は患者 ID のフォルダ
DeepTIAS後＿亥鼻＿村上_2025.08修正）は，2026-10-03 に舌色データセットで使った画像の分だけを番号ごとのフォルダへ移し，残り（使わない出力 約 8GB）を削除した（元のデータは研究室のサーバにある）．各番号の画像は 2-cropped × 3-resized（127 超）で作り直したものと画素で一致する（完全一致 1073・違う画素 1% 未満 12）．経緯は docs/PROGRESS.md
- 舌色データセットには同じ写真の重複が 5 組ある（2026-10-03 確認）．ファイルが同一で対応表の患者 ID が違う 2 組（122/184・548/566．ラベルは同じ），ほぼ同じ画像（違う画素約 0.7%）が連番で 2 回登録された 3 組（381/382・508/509・515/516．うち 381/382 は程度，515/516 は舌色のラベルが違う）．382・509・516 のフォルダの DeepTIAS 出力は，それぞれ 381・508・515 の出力のコピー（元の出力は見つからなかった）
症例（患者．研究用 ID）
└── 撮影（1 回の撮影．日時・撮影装置）
├── 舌画像
├── カラーチャート画像
├── ラベル（舌色・程度．将来は別の所見も）
└── 派生データ（色補正後の画像・マスク・特徴量 analysis.csv 等）
└── 由来: 元データ・プログラム名・プログラムの版・作成日時
- 現在のデータにも同じ患者の複数枚がある．複数回の撮影・経時的な撮影にも対応する
- ラベルは 1 つの撮影に複数付きうる（所見の種類が増える，評価者が複数いる等）
いずれも現時点では作り込まず，追加時に骨組みを変えずに足せることだけを要件とする．
- 舌色以外の所見（苔の色・厚さ等）
- 問診・体質の情報
- 同じ患者の経時的な撮影
- 別の撮影装置で撮った画像
- DeepTIAS の解析結果（色補正後の画像・マスク・特徴量
analysis.csv）
- 置き場所をコードに書かない: データの置き場所は設定または目録で管理し，使う側はデータセット名で指定する．置き場所を変えても 1 か所の変更で済む
- 再現性: データセットは版（スナップショット）を持ち，実験が「どのデータセットのどの版」を使ったかを記録・再取得できる．データを追加しても過去の版の中身は変わらない
- 由来の記録: 派生データには作成したプログラムとその版を必ず記録する．DeepTIAS は旧 exe（2021 年 12 月版）と現行ソースで解析結果がずれることが分かっているため，同じ元データの派生データを版ごとに区別して保持できるようにする
- 個人情報をリポジトリに入れない: リポジトリに置くのはスキーマ・ライブラリ・CLI・手順書・ダミーデータのみ
- 拡張しやすさ: データの種類（所見・派生データの種類）の追加は，目録の項目の追加で済み，既存のテーブル構造・コードの作り直しを要しない
| 使う側 | 連携の方法 |
|---|
| Python のプロジェクト（TIASJudgeModel・TIASjudge 等） | 本リポジトリを git サブモジュール（例: external/TIASDataHub）として置き，[tool.uv.sources] で編集可能なパッケージとして読み込む（例: tiasdata = { path = "external/TIASDataHub", editable = true }） |
| Python 以外（DeepTIAS 等） | CLI で書き出した manifest 等のファイルを読む |
| 目録に直接触れない場所（計算サーバ Newton・Archimedes） | 研究室 PC で CLI が書き出した manifest と，コピーしたデータを使う |
- 使う側の作業中に基盤側もその場で直せるよう，サブモジュールは編集可能な形で使う
- 複数のリポジトリから編集するため，基盤の変更は本リポジトリの作業ブランチ → PR で
main に入れる．使う側のサブモジュールはマージ済みのコミットを指す
- 使う側から見たライブラリの API・manifest の列は互換性を保つ（変える場合は使う側への影響を手順書に書く）
- データ本体と，実際の患者 ID ↔ 研究用 ID の対応表は本リポジトリに入れない（GitHub・研究室の GitBucket のどちらにも）
- 原本は研究室 PC の
C:\Users\Papin\clinical-data\ 配下に置く．研究室 PC のドキュメントフォルダは OneDrive に同期されるため，その配下には置かない（目録の DB ファイルも同様）
- 学習は研究室の計算サーバ（Newton・Archimedes）で行い，臨床データを手元 PC に置かない．手元 PC ではダミーデータで開発する
- Claude にデータの中身を読ませない．データフォルダは
.claude/repo-access.json の deny_read に入れる
- エラーメッセージ・ログ・CLI の出力に，実際の患者 ID・個人を特定できる情報を出さない
- 倫理審査で定められた保管ルールに合わせる（詳細は要確認．下記「未確定事項」）
| 場所 | 役割 | 臨床データ |
|---|
| 研究室 PC | 原本と目録を置く．登録・manifest の書き出しを行う | あり（原本） |
| 計算サーバ（Newton・Archimedes） | 学習・解析．研究室 PC から作業用コピーを受け取る | あり（作業用コピー） |
| 手元 PC | 開発．ダミーデータのみ | なし |
- リモート:
origin = GitHub（rintoHasegawa/TIASDataHub，Private．メイン），nakaguchi = 研究室の GitBucket（コピー）
- 現在の舌色データセット（1085 枚）が目録に登録され，データセット名で取り出せる
- TIASJudgeModel が，研究室 PC の固定パスを書かずに本基盤経由で同じデータ集合（manifest）を得られる
- データを追加した後も，過去の版のデータセットを同じ中身で取り出せる
- 派生データに由来（元データ・プログラム・版）が記録され，同じ元データでも版の違う派生データを区別できる
- 新しい種類の所見を 1 つ追加するとき，既存のスキーマ・コードを作り直さずに済む（ダミーデータで確認する）
- 手元 PC ではダミーデータだけでライブラリ・CLI のテストが通る
- リポジトリに個人情報・データ本体が含まれていない
| 事項 | 決めるフェーズ |
|---|
| データベースの形（SQLite ＋画像ファイル置き場，等） | 技術選定 |
| 研究用 ID の付け方（匿名化の方法）と，対応表の置き場所・管理方法 | 仕様設計 |
| データセットの版の表し方（スナップショットの単位・識別子） | 仕様設計 |
| 計算サーバにコピーした作業用データと原本・データセットの版の対応の管理方法 | 仕様設計 |
| manifest の形式・列（TIASJudgeModel の現行 manifest との互換） | 仕様設計 |
| 最初に対応するデータの種類（舌色のみか，セグメンテーション用データ・DeepTIAS の派生データも含めるか） | 開発計画 |
- 倫理審査で定められた臨床データの保管ルール（保管場所・アクセスできる人の範囲・保管期間・計算サーバへのコピーの可否）
