日常の開発で使うコマンドの一覧．コマンドを推測せず，ここに書かれたものを使う．
| コマンド | 用途 |
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uv sync | 依存を .venv/ に入れる（開発用の依存を含む） |
uv sync --no-dev --extra import | 実行時の依存と，取り込み用の openpyxl だけを入れる（研究室 PC） |
| コマンド | 用途 |
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uv run pytest | テストを実行する（ダミーデータのみ） |
uv run ruff check . | lint |
uv run ruff format . | 整形（確認だけなら uv run ruff format --check .）．docs/ は pyproject.toml で対象外にしている（Markdown のコード例を整形させないため） |
| コマンド | 用途 |
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uv run tiasdata --version | 版を表示する |
uv run tiasdata init | 設定ファイルに従って目録（catalog.sqlite）・store/・bundles/・backups/・対応表（identity.sqlite）を作り，スキーマのマイグレーションを適用する．何度実行してもよい（不足分だけ適用する） |
uv run tiasdata import <取り込み元の名前> | 設定ファイルの [sources.<名前>] を取り込む（保留リスト holds/<名前>.toml が必要．空でよい）．--show-source-names で問題のあったファイルの名前・対応表の行番号を表示する |
uv run tiasdata stats | 症例・撮影・ファイル・所見の件数を表示する |
uv run tiasdata check | ストア・目録の点検（凍結した版の manifest の照合を含む）．問題が 1 件以上なら終了コード 1 |
uv run tiasdata dataset list | データセットと版の一覧 |
uv run tiasdata dataset show <名前> | 版ごとの件数・作成日時・hub_commit・manifest の SHA-256・備考 |
uv run tiasdata dataset freeze <名前> [--note TEXT] | datasets/<名前>.toml を目録に当てはめて新しい版を作る（構成が同じなら作らない）．リポジトリに未コミットの変更があると止まる（研究室 PC は pull するだけなので通常は問題ない） |
- 設定ファイルは環境変数
TIASDATA_CONFIG のパス，無ければ ~/.config/tiasdata/config.toml（キーは SPEC_01「設定ファイル」）
- 手元で試すときは一時フォルダに設定ファイルを作って指す（例:
TIASDATA_CONFIG="$TMPDIR/tiasdata-try/config.toml" uv run tiasdata init．臨床データは使わない）
- 研究室 PC では
ssh labpc "cd C:\Users\Papin\source\TIASDataHub && C:\Users\Papin\.local\bin\uv.exe run tiasdata init" の形で実行する（ENV_02）
- 失敗時は標準エラーに 1 行を出し，終了コード 1（入力・データの問題）または 2（引数の誤り）で終わる
import は openpyxl が要る（手元は uv sync で入る．研究室 PC は uv sync --no-dev --extra import）．リポジトリの clone から実行する（保留リストを読むため）- 残りのサブコマンド（書き出し・受け渡し・バックアップ等）は実装した Step で追記する
| コマンド | 用途 |
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uv add <パッケージ> | 実行時の依存を追加する（使う側に入るため最小限にする） |
uv add --dev <パッケージ> | 開発用の依存を追加する |
